Спустя сорок лет после завершения строительства храм Рождества Христова был расписан (1683). Несмотря на то, что фрески выполнялись почти одновременно с ильинскими, они сильно отличаются от последних. Мастера-живописцы Рождественской церкви неизвестны, но некоторые исследователи, судя по стилю росписи, предполагают, что в этой работе принимали участие ярославские изографы Дмитрий Семенов и Федор Игнатьев.
    Система росписи та же, что и в предыдущих памятниках. В алтаре помещены росписи на литургические темы, в куполе — Христос Вседержитель. Южная и северная стелы разбиты разгранками на семь горизонтальных ярусов (не считая пелены), из которых пять — сюжетные, шестой — летопись, а нижний — орнаментальный. На западной стене сюжетных фризов только четыре, а вместо пятого, летописи и орнаментального — две большие композиции: на северной части — единственная в своем роде "Всякое дыхание да хвалит господа", а на южной — "Страшный суд". На сводах и в верхних ярусах помещены композиции на темы Евангелия и притч. Ниже идет сложный многоэпизодовый рассказ о мученических кончинах апостолов, о смертельном поединке двух юношей изза девицы Александры и о ее казни, о том, как иконописец Алимпий Печерский писал икону Богоматери. В последних сценах много жанровых подробностей, занимательных эпизодов и фигур. К последним относится изображение дьявола, соблазняющего Алимпия. Тема Страшного суда появилась здесь скорее как дань старой традиции, чем в результате живого к ней интереса. Изменилась и трактовка сцен Страшного суда. Несомненно, художника больше привлекали картины, изображающие праведников, нежели мучения грешников.
    Самой примечательной фреской не только в Рождественском храме, но и во всей ярославской монументальной живописи, является великолепная композиция "Всякое дыхание да хвалит господа", развернутая рядом со сценой "Страшный суд". В этой замечательной росписи особенно сильно сказалось свойственное русскому художнику XVII века поэтическое видение природы, ощущение ее красоты и многообразия. Прозрачный голубовато-жемчужный колорит фрески дополнен нежно-розовыми, сиреневыми, золотисто-светлыми тонами. Благодаря этому создается впечатление, что погруженный в предутреннюю мглу фантастический лес словно начинает оживать, тронутый первыми лучами солнца. Грациозные силуэты легких березок с трепещущей листвой контрастируют с пышными кронами сказочных яблонь, увешанных золотистыми плодами. Рядом с березами и яблонями торжественно распахнула широким веером резные листья заморская пальма. Среди веток деревьев, среди сказочных цветов и тонких трав мелькает пестрое оперение птиц. Серна, фантастический грифон, змея и лев мирно соседствуют рядом с розовой домашней свинкой. Люди в нарядных русских одеждах дополняют эту картину — воплощенный гимн земной радости.

Воейкова И.Н, Митрофанов В.П. Ярославль. Л., Аврора. 1971. С.51